Roku 1562 zachvátil město požár, který zasáhl i hrad. Vilém z Rožmberka proto pověřil Vlachy Jana a Antonia Ericery náročnými přestavbami starých budov na renesanční zámek. Tuto proměnu dokončil v době Petra Voka další významný architekt Dominik Cometa. Po smrti posledního Rožmberka (1611) zdědili zámek Švamberkové, kteří přišli o většinu majetku po osudové bitvě na Bílé hoře. Třeboňské panství daroval císař Ferdinand II. Ssvé vlastní rodině, ale o snadno nabytý majetek nikdo nepečoval a záchranou pro zámek je až přechod do rukou starobylého německého rodu Schwarzenbergů, kteří jej získali v roce 1660. Knížecí rod Schwarzenbergů vlastnil zámek až do roku 1940, kdy jej zabralo gestapo. Počátkem dvacátých let, po první pozemkové reformě, Schwarzenbergové zámek opustili a poté sloužil po několik let jako hotelové zařízení. Po válce v roce 1945 byla nad zámkem zavedena národní správa a v roce 1947 byl třeboňský zámek zestátněn.
Aktuální informace ze zámku najdete zde.
