Počátky města sahají asi do poloviny 12. století, kdy na jedné ze stezek procházejících širokým pohraničním hvozdem vznikla malá osada či snad jen dvorec. Celé rozsáhlé území dostal od krále výsluhou první známý člen později rozvětveného rodu Vítkovců, podnikavý Vítek z Prčic. V polovině 13. století koupili toto území bratři Pelhřim a Ojíř z landštejnské větve Vítkovců. Kolem roku 1300 lze již v Třeboni předpokládat městské opevnění, zesílené zvenčí vodním příkopem. Třeboň se stala střediskem rozšiřujícího se panství. K roku 1341 se označuje jako město a do roku 1366 se objevuje i její český název vedle dosud užívaného Witigenowe a Wittingau. V roce 1366 se vlastníky Třeboně a přilehlého panství stali bratři z Rožmberka, za nichž město nabylo na významu a bohatství. Již následujícího roku založili Rožmberkové v Třeboni klášter , roku 1376 udělili městu tzv. právo měst královských a roku 1378 mu od krále Karla IV. vymohli výsadu na dovoz soli. Koncem 14. století se už město opevňovalo zděnými hradbami a příkopem. Toto opevnění spolu se zesíleným hrádkem a s okolním bažinatým terénem vytvářelo z Třeboně téměř nedobytnou pevnost. Tak tomu bylo i v husitských válkách, kdy město odolalo několikerým útokům.

Největšího rozmachu dosáhla Třeboň v 16. a na počátku 17. století , zejména za vlády posledních dvou Rožmberků, bratří Viléma a Petra Voka z Rožmberka. Nová éra budování a rozkvětu nastala postavením Jakuba Krčína z Jelčan do čela všeho rožmberského podnikání. Krčínovy hospodářské reformy zasáhly i město Třeboň a jeho nejbližší okolí. Toto šťastné období Třeboně skončilo vpády pasovských vojsk, vymřením Rožmberků a několika zhoubnými požáry.

Další nesmírné utrpení přenesla Třeboni a jejímu okolí třicetiletá válka. Roku 1660 se stali novými vlastníky třeboňského panství Schwarzenbergové, v jejichž držení pak zůstalo až do dvacátého století. Třeboň se jen pomalu zotavovala z válečných ran a zaostávala i hospodářsky. K oživení jinak poklidného života města došlo v polovině 19. století, kdy se Třeboň stala okresním městem. Významné změny v životě města nastaly po první světové válce, kdy byl v rámci první pozemkové reformy všechen schwarzenberský hospodářský majetek převeden na stát. Druhá světová válka si i v Třeboni vyžádala své oběti. Po válce proniká do města první větší průmysl (oděvní závod a zemědělská velkovýroba). Roku 1960 byl zrušen třeboňský politický okres a město obdrželo lázeňský statut.